Oddelek za varnost in svobodo raziskuje in spremlja aktualna obrambna in varnostna vprašanja na nacionalnem, regionalnem in globalnem nivoju. Ob obravnavanju aktualnih oboroženih konfliktov in drugih (potencialnih) kriznih žarišč po svetu in v regiji je raziskovanje oddelka usmerjeno v preučevanje t.i. postmodernih virov ogrožanja, ki so jim izpostavljene sodobne družbe. Med temi grožnjami izstopajo organizirani kriminal (trgovina z mamili, orožjem in ljudmi), ilegalne migracije, ekonomski viri ogrožanja in terorizem, pojav, ki mu namenjamo posebno pozornost zaradi vpliva na varnost sodobnih družb.
Raziskovanje Oddelka na področju terorizma vključuje vse razsežnosti omenjenega fenomena: teoretske opredelitve, spremljanje sodobnih trendov delovanja terorističnih skupin, odnos med terorizmom in mediji, odziv sodobne države, družbe in mednarodne skupnosti na grožnjo terorizma in vpliv terorističnih napadov na pripadnike ogrožene družbe itd. Posebno pozornost namenjamo preučevanju logističnih dejavnosti sodobnih terorističnih skupin v primerjavi z njihovimi ‘tradicionalnimi’ predhodnicami. Prepoznavanje in preprečevanje dejavnosti terorističnih skupin, ki jo delimo na organizacijske dejavnosti, financiranje, komuniciranje in opremljanje z ubojnimi sredstvi, predstavlja osnovo učinkovitega boja proti terorizmu.